L’ex governatore della Regione Siciliana, Salvatore Cuffaro, è stato prosciolto dalla Cassazione dall'accusa di concorso esterno in associazione mafiosa. Secondo il principio "Ne bis in idem", la seconda sezione penale della Suprema Corte ha rigettato il ricorso presentato dalla Procura Generale di Palermo contro la sentenza della corte di appello del 20/06/2012, poiché sconta già una condanna a sette anni per gli stessi fatti. Cuffaro, infatti, si trova nel carcere di Rebibbia per scontare la condanna per favoreggiamento aggravato a "Cosa Nostra" e rivelazione di segreto istruttorio nel processo denominato"Talpe alla Dda".
Il 18 gennaio 2008 Cuffaro viene dichiarato colpevole di favoreggiamento semplice nel processo di primo grado per le 'talpe' alla Dda di Palermo. La sentenza di primo grado condanna Cuffaro a 5 anni di reclusione nonché all'interdizione perpetua dai pubblici uffici. Cuffaro assiste alla lettura della sentenza nell'aula bunker di Pagliarelli e dichiara immediatamente di non essere intenzionato ad abbandonare il suo ruolo di presidente della Regione Siciliana. Nel frattempo, la pubblicazione di una serie di foto che lo ritraggono con un vassoio di cannoli, mentre apparentemente festeggia per non essere stato condannato per favoreggiamento della mafia, provoca un grande imbarazzo. Il 24 gennaio 2008 l'Assemblea regionale siciliana respinge la mozione di sfiducia (53 voti contro 32) presentata dal centrosinistra. Nonostante il voto di fiducia del Parlamento siciliano, Cuffaro si dimette due giorni dopo, nel corso di una seduta straordinaria dell'Assemblea. Il processo d'appello è iniziato il 15 maggio 2009 alla terza sezione della Corte d'Appello di Palermo.
È inoltre accusato dal pentito di mafia Massimo Ciancimino (figlio dell'ex sindaco mafioso Vito Ciancimino) di aver intascato tangenti. Per questo è iscritto nel registro degli indagati della DDA di Palermo per concorso in corruzione aggravata dal favoreggiamento di Cosa Nostra assieme ai politici dell'Udc Saverio Romano e Salvatore Cintola e del Pdl Carlo Vizzini. La condanna all'interdizione perpetua dai pubblici uffici non gli impedisce di sedere in Parlamento come Senatore nelle file dell'UDC.
Nell'ottobre del 2009 il pentito Gaspare Romano, imprenditore condannato per aver favoreggiato Giovanni Brusca, accusa Cuffaro di aver partecipato ad un pranzo con i mafiosi Santino Di Matteo, uno degli assassini di Giovanni Falcone, ed Emanuele Brusca, fratello di Giovanni. Nello stesso periodo gli perviene un nuovo avviso di conclusione delle indagini per concorso esterno in associazione mafiosa, fatto che presuppone un nuovo rinvio a giudizio. La Magistratura presume che Cuffaro sia stato sostenuto elettoralmente dalla mafia sin dall'inizio degli anni novanta e che perciò sia a disposizione delle cosche.
Il 23 gennaio 2010 la Corte d'Appello di Palermo condanna Cuffaro a sette anni di reclusione per favoreggiamento aggravato nel processo 'talpe alla Dda'. Rispetto alla sentenza di primo grado la pena è stata inasprita di ulteriori due anni, con l'aggravante di aver favorito Cosa Nostra. Dopo la sentenza Cuffaro ha annunciato di lasciare ogni incarico di partito e di voler ricorrere alla Corte di Cassazione. Nel giugno 2010 la Procura della Repubblica di Palermo dispone una indagine sul patrimonio di Cuffaro, per accertare una eventuale sproporzione tra il patrimonio dell'ex presidente e il reddito dichiarato.
Il 28 giugno 2010 i pm Nino Di Matteo e Francesco Del Bene hanno chiesto la condanna a 10 anni di reclusione per Cuffaro, imputato con l'accusa di concorso esterno in associazione mafiosa in un altro processo con rito abbreviato noto come «Cuffaro bis». Tra le vicende al centro di questo ulteriore processo, quella delle candidature di Mimmo Miceli e Giuseppe Acanto, detto Piero, nelle liste del Cdu e del Biancofiore alle elezioni regionali del 2001. Entrambi, secondo l'accusa, furono sponsorizzati da Cosa nostra e Cuffaro per questo motivo li accettò come candidati nelle liste a lui collegate. La richiesta di pena tiene conto dello sconto di un terzo della pena previsto dal rito abbreviato.
Il 22 gennaio 2011 la Corte di Cassazione conferma in via definitiva la condanna 7 anni di reclusione inflittagli l'anno prima dalla Corte di Appello di Palermo, nonostante la richiesta di eliminazione dell'aggravante mafiosa da parte del procuratore generale. Il giorno stesso Cuffaro si costituisce e viene rinchiuso nel carcere romano di Rebibbia. Il successivo 2 febbraio il Senato della Repubblica accoglie le sue dimissioni da parlamentare con 230 voti favorevoli, 25 contrari e 17 astenuti. Nelle motivazioni della sentenza i Giudici della Cassazione dichiarano provato l'accordo politico-mafioso tra il capo-mandamento Giuseppe Guttadauro e l'uomo politico Salvatore Cuffaro, e la consapevolezza di quest'ultimo di agevolare l'associazione mafiosa, inserendo nella lista elettorale per le elezioni siciliane del 2001 persone gradite ai boss e rivelando, in più occasioni, a personaggi mafiosi l'esistenza di indagini in corso nei loro confronti.
Il 16 febbraio 2011 il giudice dell'udienza preliminare al termine del rito abbreviato del secondo processo di Cuffaro, emette il non luogo a procedere nei confronti dell'ex Presidente della Regione Siciliana perché per gli stessi reati è già stato giudicato. Anche in appello Cuffaro viene assolto per "Ne bis in idem".
A seguito della condanna definitiva, nel maggio 2011 viene licenziato dalla Regione Siciliana dove nel 1989 era stato assunto dall'Ispettorato regionale alla Sanità ed era in aspettativa dal 1991. Nei giorni successivi arriva anche il provvedimento di radiazione dall'Ordine dei medici. Il 28 ottobre 2011 i legali di Cuffaro rendono noto di aver presentato alla Corte europea dei diritti dell'uomo istanze di revisione del processo in cui è stato condannato in Cassazione e del processo definito "Talpe alla Dda".
